本发明公开了一种基于低温合金的储能复合式控温系统，包括热管、储能单元、导流管、均温散热片；储能单元为金属材质，内空腔含有低温合金，储能单元和导流管导通；热管的冷凝段与储能单元相连接，热管的蒸发段与均温散热片相连，均温散热片与散热目标相连。进一步设有风扇，对热管和储能单元按需进行降温，根据导流管内低温合金的体积膨胀变化控制风扇的启停；并根据储能单元内温度变化控制风扇的转动频率。本发明通过将热管良好的均温性能与低温合金储能特性相结合的复合式散热方法，能有效提高间歇性工作设备对瞬时高温热冲击的抵抗能力；通过低温合金的体积变化控制风扇的启停，通过储能单元内温度变化控制风扇的转动频率，降低了能量的消耗。