一种飞轮储能系统并网控制方法及其储能系统，其电网侧变流器控制方法是将静止坐标系下的电网侧电流i_a1、i_b1、i_c1与变流器侧电流i_a2、i_b2、i_c2分别变换为两相旋转坐标系下的直流分量i_d1、i_q1与i_d2、i_q2，将此两相旋转坐标系下的直流分量作为旋转坐标系下电网侧变流器控制的反馈信号，以控制飞轮储能系统并网有功与无功功率的大小及流向。其电机侧变流器控制方法是将静止坐标系下的电机定子电流i_a3、i_b3、i_c3变换为两相旋转坐标系下的直流分量i_d3、i_q3，将i_d3、i_q3及直流母线电压U_dc作为旋转坐标系下电机侧变流器控制的反馈信号，以维持直流母线电压U_dc恒定。应用本发明控制方法的储能系统的LCL滤波器（102）由电网侧电感（201）、变流器侧电感（203）和滤波电容（202）组成。