本发明公开了一种复方金属离子补充剂及其制备方法，属于营养保健和制药领域。包括步骤：将含Ca²⁺、Fe²⁺、Zn²⁺的物质的其中一种制成核芯，再以溶胀型材料包裹；将含另一种金属离子的物质喷涂于上述溶胀型材料表面，再以肠溶包衣材料包裹。本发明的复方金属离子补充剂通过特殊的制备方法，使不同金属离子分时段错峰释放到胃肠道，从而消除了它们之间的相互影响，实现了多种离子的充分吸收，同时补充。