本发明属于生物制药技术领域。具体涉及一种鱼腥草水提液及其制备方法和应用。本发明从鱼腥草水提液中获得的总多糖具有直接灭活或抑制手足口病病毒即肠道病毒71型（EV71）和柯萨奇A16（CVA16）复制的活性;且进一步发现抗病毒活性的多糖主要为分子量大于100kDa的多糖。因此，该多糖可以在制备抗手足口病病毒药物中得到应用。作为一种可食用的水生草本植物鱼腥草来源广泛，毒副作用小，价格低廉，提取工艺简单等特点，具有重大的开发和应用前景。