一种风力发电机振动监测系统的误差处理方法，包括以下步骤：⑴读取当前时刻的振动监测信号值和多个冗余通道的初始干扰信号值；⑵根据初始/更新后干扰信号值获得对应冗余通道的一致变化项值；⑶根据每一所述一致变化项值更新对应冗余通道的初始/更新后干扰信号值，获得对应的更新后干扰信号值；⑷获得所有冗余通道的一致性变化项总值；⑸判断一致性变化项总值是否小于一预先设定的一致性阈值，若是，执行步骤⑹，否则返回根据所述更新后干扰信号值执行步骤⑵；⑹根据更新后干扰信号值获得所有冗余通道的干扰不变项值；⑺对振动监测信号值和所述干扰不变项值进行处理，获得误差处理结果。利用本发明的方法能有效地提高频谱分析的准确性。