一种最大功率跟踪的风力发电系统及其控制方法，系统包括发电模块、变流模块、控制模块和检测模块，发电模块包括风力发电机组和蓄电池组，变流模块包括有源电力滤波器、整流电路、斩波电路、逆变电路和三相滤波器；控制模块包括ARM处理器、蓄电池控制器、触发电路和最大功率跟踪控制器；检测模块包括信号采集电路和AD转换器。本发明方法通过测量谐波和电压的波动，降低电网和负载中的谐波含量、电压的波动和闪变，减小谐波对电力系统和用电设备的危害。变流模块使电能快速进行交直流的转化，满足本地直流负载需求，保证输出电能的质量。采用在不同条件下三档最大功率跟踪使风能发电系统得到最有效利用，增大发电的效率和获得电能的电能质量。