本发明涉及用于制药机械领域，尤其是指一种胶塞清洗机配套用的药用胶塞转运系统及其转运方法。一种药用胶塞转运系统，包括落料管，还包括设有清洗灭菌管路，连通清洗灭菌管路的喷淋嘴设置在落料管与胶塞清洗机的连接处的阀门内侧，落料管下端端盖内侧设有清洗灭菌介质排出口。本发明提供一种清洗灭菌后的胶塞在封闭环境里跨不同洁净度空间的自动转运装置。主要功能是将全自动胶塞清洗机清洗、灭菌后的胶塞转送至药品灌装区的胶塞供料机振荡料斗，而此料斗是设置在A级洁净区域，为保证胶塞运送安全及避免交叉污染，转运装置具备在线清洗（CIP）和在线灭菌（SIP）功能。