本发明是有关于一种风力发电机组紧急停机控制系统及方法，该方法包括：机组运行时，安全系统持续发出高电平信号；当机组发生故障时，安全系统根据急停信号触发紧急顺桨和变频器脱网，同时对主控系统是否有效、转速是否低于设定阈值进行判断；在主控系统有效且转速低于设定阈值时，启动高速轴刹车；在主控系统失效时，直接延时后启动高速轴刹车；当机组故障被排除后，高速轴刹车释放。该系统包括紧急停机触发模块、主控系统转速检测模块、安全系统紧急停机模块、液压系统以及高速轴刹车。本发明可保证风力发电机组在主控系统失效的情况下仍然能安全、快速的停机，保护风力发电机组的安全，而且不用额外增加风力发电机组的硬件成本。