本发明属制药领域，涉及萘醌二聚体虎杖素C及其在制备抗补体药物中的用途。本发明从蓼科植物虎杖（PolygonumcuspidatumSieb.etZucc.）根的乙酸乙酯提取部位分离得到一个萘醌二聚体新化合物虎杖素C，并通过体外抗补体活性评价试验证实其对补体系统的经典途径和旁路途径具有较强的抑制作用。所述化合物对补体系统经典途径抑制作用的CH₅₀为90±12μg/ml，对旁路途径抑制作用的AP₅₀为210±10μg/ml。所述化合物可用于制备抗补体药物。