本发明提供一种治疗心脑血管疾病的药物组合物、制备方法及其质量控制方法，涉及制药领域。所述治疗心脑血管疾病的药物组合物，由下述重量配比的中药原料制成：地龙30～50份、全蝎15～25份和水蛭30～50份。其制备方法，包括如下步骤：将地龙粗粉、全蝎及水蛭粗粉混合均匀，加水浸泡，将药材连同浸泡液加入粉碎机进行湿法粉碎，离心，取上清液作采用中空纤维膜过滤，取粗提取液中分子量范围为9～120KDa的组分即得所述治疗心脑血管疾病的药物组合物。本发明药物组合物，去除了药材中干扰药效的杂质，所以抗血栓方面的药效较传统药物显著增强，且能显著减少服用剂量，却并未检测到毒性。