本发明公开一种基于超级结的氮化镓HEMT器件及制备方法，其能够在低导通电阻的情况下提高器件击穿电压。所述基于超级结的氮化镓HEMT器件包括蓝宝石HEMT外延片、不掺杂AlN层、不掺杂GaN层、不掺杂AlGaN层、源极、栅极、漏极、栅漏极之间基于F离子处理技术形成的超级结区。所述方法采用干法ICP刻蚀出Mesa隔离结构，分别蒸发源漏极金属和栅极金属形成源、漏和栅极；采用基于F离子处理技术在栅极-漏极区域形成的超级结。本发明相对于常规的氮化镓HEMT器件具有导通电阻低、击穿电压高、开关反应速度快、功耗低和缓冲层漏电小的特点，可用于大功率电力电子开关、汽车电子、太阳能模块、电动车、雷达和制导等方面。