本发明公开一种深空探测中探测器的唤醒控制系统，其包含：串联连接的唤醒负载开关和唤醒负载，唤醒控制开关和唤醒负载还电路连接母线；唤醒负载将太阳阵输出的电流信号转换为电压信号；串联连接的唤醒使能开关、二次电源唤醒控制电路和二次电源开关，唤醒使能开关、二次电源唤醒控制和二次电源开关电路还电路连接母线；二次电源唤醒控制电路检测唤醒负载转换的电压信号，控制二次电源开关的通断；蓄电池组及一次母线唤醒控制电路，其根据二次电源输出电压，控制蓄电池组放电开关和一次母线开关的通断。本发明构建结构简单，易于工程实现，在深空探测领域，为采用太阳电池阵—蓄电池组供电的探测器提供了一种有效的唤醒控制技术。