本发明提供一种基于分离充电的电源控制器架构，包括母线负载端、电池端、供电阵组、充电阵组、控制系统、BDR和BCDR；充电阵组包括若干充电阵，充电阵包括太阳能电池和第二功率调节电路，第二功率调节电路的输出端以可切换的方式选择性地分别与母线负载端或电池端、BDR的输入端和BCDR的输入端连接；BDR用于当控制系统判断负载处于重载或架构处于阴影区时，控制蓄电池向母线放电；BCDR用于当控制系统判断蓄电池需充电时，控制蓄电池的充电电流。本发明还提供一种基于分离充电的电源控制器架构的控制方法。本发明实现了将基于分离充电的电源变换器应用到了以太阳能电池阵作为主供电电源、蓄电池作为备用供电电源的电源系统中。