本发明涉及一种卫星太阳电池阵在轨被遮挡的确定方法及其应用，通过研究卫星轨道太阳光照角年平均变化规律和卫星在轨期间太阳仰角随纬度变化情况，结合卫星构型特点，确定卫星太阳电池阵被星体遮挡与否，计算遮挡面积大小，并得到遮挡面积在一轨和一年内的变化趋势，根据该结果解决卫星在轨运行时因太阳电池阵被遮挡而造成的充电阵电流异常问题，还解决了卫星太阳电池片布片方式的优化设计问题。本发明对于卫星等采用太阳电池阵作为主要能源供给的航天器提高构型设计的合理性，提升太阳电池片的利用效率有良好效果。本发明的应用取得降低航天器电池片成本、提高航天器有效供电能力、提高航天器性能等有益效果。