本发明提供用于形成具有选择性射极的太阳能电池的方法和装置。方法包括在基板接收表面上放置基板。基板的表面包括第一图案化重掺杂区域，第一图案重掺杂区域具有第一掺杂浓度且限定选择性射极，基板的表面还包括第二掺杂射极区域，第二掺杂射极区域具有小于第一掺杂浓度的第二掺杂浓度，其中第二掺杂射极区域环绕第一图案化重掺杂区域。此方法还包括通过使用傅里叶变换来处理经滤波的光学图像以确定第一图案化重掺杂区域的位置，通过使用从第一图案化重掺杂区域的确定的位置所接收的信息将丝网印刷掩模中的一个或多个区别性特征对准第一图案化重掺杂区域，以及在第一图案化重掺杂区域的一部分上沉积材料层。