本发明公开了一种有序体相异质结有机太阳能电池及其制备方法，该电池在下层透明电极层和上层金属电极层中间夹有有序体相异质结；制备方法是先在透明电极表面通过真空沉积或者溶液旋涂沉积得到分子模板层；再在分子模板层上通过斜角入射真空沉积制备出纳米棒阵列薄膜层后溶液旋涂活性层材料；最后在活性层上依次真空沉积电极缓冲层和金属电极；或者是先在透明电极表面真空沉积电极缓冲层后，通过真空沉积或者溶液旋涂沉积得到分子模板层；再在分子模板层上通过斜角入射真空沉积制备出纳米棒阵列薄膜层后溶液旋涂活性层材料活性层；最后在活性层上依次真空沉积电极缓冲层和金属电极；该有机太阳能电池光电能量转换率高，可以广泛应用，电池制备方法简单。