本发明公开了一种制备薄膜太阳能电池p-n结的方法，包括：清洗基片，并用氮气干燥，将基片置于等离子体化学气相沉积系统的腔体内的基片台上，将含锡和硫的原料分别放于两个坩埚内，并放入等离子体化学气相沉积系统的原料蒸发装置中，关闭腔体，并抽真空，通入氩气，以产生氩气等离子体，利用氩气等离子体对等离子体化学气相沉积系统的腔体和腔体中的基片进行清洗处理，对基片进行加热，在清洗后的基片表面制备n型和p型锡硫薄膜，在等离子体化学气相沉积系统的腔体中对制备出的n型和p型锡硫薄膜进行真空退火，将退火处理后的n型和p型锡硫薄膜在氩气环境中冷却至室温。本发明制备工艺简单，能满足大面积、高速度沉积的要求。