本发明公开了一种以聚合物为衬底的薄膜太阳能电池复合背电极及制备方法，所述的复合背电极是由依次生长在柔性聚合物衬底上的高阻残余拉应力金属Mo薄膜、低阻残余压应力金属Mo薄膜、低阻高反射残余压应力金属Mo薄膜组成。所述的制备方法是通过改变磁控溅射参数来达到复合金属Mo背电极与柔性聚合物衬底附着性能好，入射光辐射的反射率高，同时避免了高能溅射引起的柔性聚合物衬底的失效，使金属Mo复合背电极的表面电阻满足薄膜太阳能电池的要求。