本发明公开了一种柔性薄膜太阳能电池的切割设备，包括：放卷机构；传送机构；划线机构；切割机构；成品收卷机构；边角料收卷机构；用于控制各机构工作的控制系统。本发明还公开了利用所述切割设备切割柔性薄膜太阳能电池的方法：将待切割电池放卷出来，通过传送机构接收并传送所述待切割电池，对待切割电池依次进行划线和切割处理，得到的成品通过成品收卷机构进行收卷，切割产生的边角料利用边角料收卷机构进行收卷。本发明切割方法能彻底消除因切割造成的薄膜太阳能电池短路；自动化程度高，提高产品良率和生产效率；需要耗材量少，生产成本低；分切工艺简单，设备简单操作方便。