本发明提出一种CIGS薄膜太阳能电池的制造方法及其制造设备，该制造方法包括以下步骤。首先，提供一基板，将基板置入一扩散炉内，于扩散炉内通入第一硒化气体。进行多阶段式加热升温，升温至第一预定温度之后持温第一预定时间，之后抽出第一硒化气体。进行升温以后并且通入第二硒化气体于扩散炉内，在第二预定温度持温第二预定时间，最后在降温过程中抽出第二硒化气体。本发明的CIGS薄膜太阳能电池的制造设备，其包括一扩散炉、一冷却单元、一气体控制单元及一控制接口单元。本发明可减少吸收层膜剥落及解决MoSe₂层过厚的问题。