本发明涉及一种从红豆杉制药残渣中提取天然色素的方法，特征是，包括以下工艺步骤：（1）将红豆杉制药残渣与丙酮混合，料液比为1:5～1:30，在温度10～35℃提取30～90分钟，抽滤；抽滤后的残渣重复提取过程1～2次；合并每次抽滤的滤液，得到第一种天然色素溶液；（2）将步骤（1）得到的残渣与酸性乙醇溶液混合，料液比为1:10～1:50；在温度50～80℃提取30～90分钟，冷却后抽滤，中和滤液至中性，得到第二种天然色素溶液；（3）将步骤（2）得到的残渣与碱性水溶液混合，料液比为1:10～1:50；在温度80～100℃的条件下提取30～90分钟，冷却后抽滤，中和滤液至中性，得到第三种天然色素溶液。本发明可以提高红豆杉制药残渣的利用效率，色素的提取总量高。