本发明公开了一种高浓度合成制药废水的预处理方法，属于废水处理领域。该处理方法的步骤为：将光合细菌进行固定化后投入IPSB（Immobilized photosynthetic bacteria）反应器；用低浓度合成制药废水对固定化光合细菌进行驯化；将待处理的高浓度废水调节pH值后加入IPSB反应器中进行微氧生物反应；反应结束后沉淀排水，上清液进行进一步处理。该方法适合高浓度合成制药废水的预处理，其进水COD浓度可达16000mg/L，色度可达1250倍，含盐量高达20000mg/L，硫酸根浓度高达5000mg/L，出水COD浓度可降低至2000mg/L，色度降低至100倍。