本发明公开了一种太阳能微生物发酵装置，通过设置带有孔隙的中空的搅拌装置，并通过将进气管及进水管与搅拌装置连通，使本发明在搅拌过程中能够进行均匀加氧，有效保持发酵过程中含氧量的稳定性，同时，将进气管与进水管通过电发热器与太阳能集热装置进行连接，一方面在进行加氧的过程中进行温度的调控，另一方面能够使水从搅拌装置的孔隙中喷射出形成高压水柱，并通过浆片的转动，对发酵罐内部进行清洗及消毒。另外，通过设置具有双层结构的下托板，不仅能够有效提高发酵液的收集效率，而且能够使发酵液得到初步的过滤。本发明具有含氧量均匀稳定、发酵温度易控制、清洗消毒方便等优点。