本发明公开了一种基于双井组合式回灌的沉降控制方法，在主回灌井与被保护建筑物间增加辅助回灌井，并在辅助回灌井与被保护建筑物间增加承压含水层水位观测井，辅助回灌井在主回灌井回扬抽水期间被开启以减小或防止被保护建筑位置处承压含水层的水位因主回灌井的回扬抽水而出现较大下降，承压含水层水位观测井则动态观测被保护建筑物位置处承压含水层水位的变化，用以动态调控辅助回灌井。本发明可以有效的减小或防止回灌井回扬抽水过程中不可避免的地面及建筑物沉降，也可以缩短回灌井回扬时间，甚至可以减小回灌井回扬期间抽取的地下水资源以起到环保的作用。