本发明公开了一种柔性超支化、半互穿氟硅聚酰亚胺薄膜及其制造方法，由三氨基化合物、二羟基-二氨基化合物、二胺、二酐、硅烷化合物制备而成。本发明中首先制备出了含氟或含氟含硅的线性聚酰胺酸以及含有羟基的超支化聚酰胺酸，然后将含有羟基的超支化聚酰胺酸与正硅酸酯及硅烷偶联剂的水解产物反应得到了含交联硅氧组分的支化聚合物，之后与线性聚酰胺酸以不同比例混合，经挤出涂覆流延成膜、亚胺化和高温热处理后得到了具有半互穿网络结构的柔性超支化氟硅聚酰亚胺薄膜。采用本发明方法制备的聚酰亚胺薄膜具有低介电常数，低吸湿率及低线膨胀系数等特性，在柔性印刷电路板（FPC）、液晶显示和光伏能源等领域有广阔应用前景。