一组微拟球藻的检测探针，属于核酸检测领域。依据微拟球藻rRNA保守序列设计成三条相互关联的寡核苷酸探针，针对微拟球藻18SrRNA特定区域设计的分析探针SEQIDNO:1，在S1酶保护下与此区域保守序列特异性结合，进行生物信息学比对时仅与微拟球藻18SrRNA在1610～1790区域核苷酸互补，而与其他藻类在内的真核微生物无同源性，其长度为60bp；捕获探针SEQIDNO:2，与分析探针的3’端互补，在5'端有生物素Biotin标记；信号探针SEQIDNO:3，与分析探针的5'端互补，在5'端有异硫氰酸FITC标记。本发明用于培养体系中微拟球藻的检测，特异性高，实用性好，在每毫升海水0.18×10³~2.1×10³个微拟球藻细胞数范围内，检测信号与藻细胞数呈线性关系，可用于规模化微藻养殖过程中微拟球藻的过程监测。