本发明涉及一种益生肽生物饲料添加剂及其制备方法和应用，本发明的一种益生肽生物饲料添加剂是通过将芽孢杆菌、酵母菌、乳酸菌的一种或几种种子液接入到植物蛋白酶解液中通过混合发酵而成。动植物蛋白恒温或变温酶解后按一定比例接入芽孢杆菌、酵母菌、乳酸菌的一种或几种种子液进行后发酵，将发酵液浓缩干燥制成粉状产品。该益生肽饲料添加剂解决了酸、碱、蛋白酶酶解等工艺所带来的苦味肽含量高、适口性不好的难题。本发明的益生肽生物饲料添加剂中的活性肽可刺激动物免疫功能，提高动物的免疫能力，有益菌可改善动物肠道环境，增强动物对多种疾病的抵抗能力，并且能够提高饲料转化率，降低了养殖成本。