本发明公开了一种基于红鳍东方鲀FoxO1基因的重组蛋白、制备方法及应用，属于生物技术领域。本发明根据红鳍东方鲀FoxO1蛋白的cDNA编码序列，设计针对红鳍东方鲀FoxO1蛋白编码序列的引物对，以ISOGEN Reagent提取红鳍东方鲀肝脏总RNA后进行RT-PCR扩增。RT-PCR产物与pGEM-T载体连接得重组质粒，经双酶切后目的基因再与表达载体pET-32a(+)连接，获重组表达质粒并转化至大肠杆菌Rosetta(DE3)中；通过IPTG诱导实现了重组蛋白的可溶性表达。本发明中的红鳍东方鲀FoxO1重组蛋白能抑制过氧化物酶体增殖体激活受体PPARγ基因的表达，调节红鳍东方鲀体内脂类代谢平衡。纯化的重组产物对鱼类进行活体注射或饲料添加，能改善养殖鱼类的生长及降低鱼的脂质含量，使肉质鲜美可口。