本发明公开了一种以鳃孔游离度为标记的香港牡蛎制种方法。它是以野生2龄香港牡蛎作为基础群体，以鳃孔游离数目为标记进行划分，鳃孔数目≥9为高度游离类群；以高度游离类群的香港牡蛎个体作为繁殖群体，采用解剖配子的方式进行类群自繁，然后进行苗种培育及养成，得到高度游离类群的子一代；继续以鳃孔游离数目为定向选择标准，以高度游离类群的子一代为亲本繁殖子二代，如此循环若干代，即可获得鳃孔游离度稳定遗传、表型性状优良的香港牡蛎新品系。本发明以香港牡蛎独有的鳃孔游离现象作为标记，首次确定了3个类群划分标准；实现了数量性状与经济性状协同选择，经过定向纯化，获得了具有显著养殖优势的香港牡蛎新品系。