本发明公开了一种用于防治新生仔兽腹泻综合征的药物组合物，并公开了其制备方法和在防治新生仔兽腹泻综合征中的应用，属于中兽药领域。所述药物组合物包括穿琥宁、盐酸小檗碱、纳米蒙脱石粉、葡萄糖、蔗糖及糊精。该药物组合物能够消除并修复新生仔兽腹泻综合征的病理损伤，具有广谱抗病毒、抗菌消炎，修复、提高消化道粘膜屏障对攻击因子的防御功能，促进损伤的消化道粘膜上皮再生，缓解低血糖症状，维护消化道的正常生理功能，预防与减少多种原因引起的新生仔兽腹泻综合征，减少新生仔兽发病率。本发明的复方中兽药舔膏以简易的剂型和给药途径应用于新生仔兽防治腹泻综合征，疗效显著，应激小、无毒、无害、无残留，符合规模化养殖生产的需要。