本发明涉及一种光伏并网逆变器热保护方法及系统，通过采集所述三相IGBT功率单元中热敏电阻的阻值；若三相IGBT功率单元中热敏电阻的阻值高于预定阻值，或者低于预定阻值的时间小于预定时间，则光伏并网逆变器以正序电流工作在最大功率点；若三相IGBT功率单元中热敏电阻的阻值低于预定阻值并且低于预定阻值的时间超过预定时间，则同时输出正序电流和负序电流，通过控制负序电流输出大小或者正序电流输出大小和负序电流输出大小来实现所述三相IGBT功率单元故障相的输出电流变小以实现过热保护。本发明的一种光伏并网逆变器热保护方法及系统，在IGBT散热器的某一相冷却风机发生故障时，非故障相仍可输出较大功率，只有故障相降额输出，这样既保护了IGBT，又能兼顾功率输出，减少功率损失，同时报警给监控中心，待逆变器停机时进行检修。