本发明公开了一种含光伏电源的城市微电网多孤岛动态划分与运行方法，其特征在于，充分考虑配电网中负荷与光伏电源之间的日分布特性曲线差异，在优先供给一类负荷的前提下，在各分时段里动态地对二、三类负荷按行业分类进行优化供给，以各光伏电源为根节点形成孤岛，并考虑了多个单电源孤岛相互融合的情况。该方法先对各负荷的需求功率曲线以及各光伏电源的输出功率曲线进行未来24小时的短期预测，然后建立孤岛供电的优化模型，并通过三次样条插值模拟几类典型行业的日负荷曲线和光伏电源的日输出功率曲线，然后采用粒子群优化算法得到各分布式光伏电源在各时段对各行业的最优供电功率，从而实现负荷要求与电源发电之间的动态适配。