本发明属于智能电网技术领域，公开了一种消除光伏并网充电系统中的谐波的方法及装置，具体为：获取三相交流电网中的任意一相的相电压，根据相电压得到电压相位信息，再获取光伏电池的光伏电池电压与光伏电池电流，并根据锁相电压相位、光伏电池电压与光伏电池电流，得到分别与三相相对应的有功指令电流，再获取与三相分别相对应的交流侧充电电流，并根据锁相电压相位、交流侧充电电流得到每一相的谐波补偿指令电流，最后，将每一相的谐波补偿指令电流与有功指令电流合并，得到输出指令电流，并将输出指令电流向电动汽车输出，这样，实现了为电动汽车充电，同时避免电动汽车在充电时产生的谐波进入到三相交流电网，对三相交流电网的性能产生影响。