本发明提供一种评价臭氧破坏鱼类神经坏死病毒核酸链效果的方法，即在鱼类神经坏死病毒核酸链3′末端设计反转录引物P，在5′末端设计PCR引物对F/R。臭氧处理鱼类神经坏死病毒后，病毒核酸链3′端断裂则不能启动反转录，5′端或中间断裂虽能启动反转录但不能进行PCR扩增。因此，断裂的病毒核酸片段不能被扩增，只有完整的病毒核酸链才能得到扩增产物。发明的LR RT-PCR方法可以对完整的和断裂的病毒核酸链进行有效区分，从而可以用于评价臭氧对鱼类神经坏死病毒的杀灭效果。该LR RT-PCR方法可以快速、方便、可靠地评价臭氧对鱼类神经坏死病毒的破坏效果，适用于养殖企业和各级水生动物疫病防控部门对鱼类神经坏死病毒的检测和监控，具有很高的实用价值和应用前景。