本发明公开了一种以左壳放射嵴数目为标记的熊本牡蛎制种方法。它包括a、品系划分：根据熊本牡蛎的左壳放射嵴数目，将其定位为3大类群，分别为无嵴品系，其放射嵴=0个、寡嵴品系，其放射嵴为≤5个和多嵴品系，其放射嵴＞6个；b、品系自繁：以a步骤中3个品系个体作为亲本，通过品系内的群体自繁进行子代繁育，之后进行常规养成；c、品系纯化：以b步骤中的养成的品系作为亲本，剔除掉左壳放射嵴数目不符合品系标准的亲本个体，重复若干次品系内的群体自繁进行子代繁育和常规养成，进行定向纯化，即可获得性状相对稳定新品系。本发明获得多嵴、寡嵴新品系比传统养殖的熊本牡蛎外观上更加整齐，同时其产量可以提高15-30%。