本发明公开了一种多输入的光伏逆变器控制方法及系统，独立接入模式是通过获取每路光伏组串的最大功率点指令电压与该路实际的PV电压的差值，经调节得到该路的占空比，实现对每路DC/DC电路的开关管的控制，从而实现对光伏逆变器的控制；并联接入模式是通过获取主路的DC/DC电路的最大功率点指令电压与该路实际的PV电压的差值，经调节得到主路的占空比，并根据主路的占空比实现对主路及各从路的DC/DC电路的开关管的控制，从而实现对光伏逆变器的控制。本方案通过对独立接入模式及并联接入模式中的多路或一路占空比的获得，实现对光伏逆变器的控制，实现方式简单可靠，克服了现有技术中对多路DC/DC电路的复杂控制。