一种对虾多家系配种制种方法，属于水产遗传育种领域，具体步骤包括：通过制定并计算选择指数，选择优良的家系和个体，构建扩繁起始群体；设定亲缘系数上限值，以家系为单元设计多个交配组，建立一级扩繁单元，构建一级扩繁群体；依据苗种生产能力和市场需求，在限定的亲缘系数下，组合上一级扩繁单元，设计交配组，建立新一级扩繁单元，构建多级扩繁群体；利用一级扩繁群体或多级扩繁群体内的扩繁单元，分组或混合制种，生产商品苗种，提供给对虾养殖户。本发明利用对虾雌虾产卵量大的繁殖特性，设计一级或多级扩繁方法，每级扩繁群体均进行一定强度的选择，快速传递和放大已获得的遗传增量，扩繁模式设计灵活，可满足不同规模的苗种需求。