本发明公开了一种远程控制智能环境生态平衡系统及其修复水体的方法，所述系统包括：输送装置、生物反应装置、控制装置、水质监测装置和监控设备；输送装置与生物反应装置连通，控制装置与输送装置、生物反应装置、水质监测装置、监控设备通过通信网络进行无线通信。生物反应装置中的生物反应材料能够不仅极大改善水体水质、使水体保持平衡状态，而且没有对水体造成二次污染；控制装置根据监控设备中设置的控制参数对水质监测装置、输送装置和生物反应装置进行远程控制并实现水体信息的实时监测和污染水体的实时治理，污染水体治理的管理方面的自动化程度高、效率高，大大节约了人力成本，可用于修复受污染的河流、湖泊、景观水及养殖水水体。