本发明公开了一种同时制备单环刺螠糖胺聚糖和抗菌肽的方法，包括如下步骤：(1)原料处理：将原料单环刺螠制成匀浆液；(2)酶解；(3)超滤；(4)糖胺聚糖的制备：①除蛋白质；②醇沉、洗涤；③阴离子交换柱层析；④凝胶过滤层析得高纯糖胺聚糖；(5)抗菌肽制备。本发明的方法反应条件温和、制备过程绿色环保节能，产品附加值高；制备的糖胺聚糖和抗菌肽纯度高；可大量回收蛋白质，有利于单环刺螠的综合利用，所制备的糖胺聚糖具有明显的抗凝血、清除自由基的效果，制备的抗菌肽对于金黄色葡萄球菌、大肠杆菌、嗜水气单胞菌等具有明显的抑菌活性；所得的糖胺聚糖和抗菌肽还可为海珍动物养殖业提供优良的免疫增强剂和新型抗菌药物。