本发明公开了一种以海礁小蚝蛎制备牡蛎多肽的方法，包括下述步骤:将海礁小蚝蛎前处理后，加入相当于蛎肉15-18倍重量份的纯净水，混合后，通过乳化搅拌机处理2-3小时，乳化线速度控制在20-25m/s，收集乳化处理后的液体，加入适量碱液调整pH值为7.0-7.5，加温至48-52℃，加入相当于蛎肉1.5-2.5%倍重量份的中性蛋白酶，开始酶解，酶解时间为8小时，升温至80℃，保持10min将酶失活，用截流相对分子量为1000Dalton的纳滤设备过滤浓缩，调节压力至3Mpa，收取浓缩液，喷雾干燥过80目筛，包装得成品。通过利用对海礁小蚝蛎的深加工，提高产品附加价值及竞争力，促进了本地区社会经济的发展。