本发明公开了一种从牡蛎壳中制备牡蛎多肽的方法，包括下述步骤：将牡蛎壳加工成细度为400-500目的细粉，然后加入相当于牡蛎细粉15-18倍重量份的纯净水，混合后，通过乳化搅拌机处理2-3小时，收集乳化处理后的液体，加入适量碱液调整pH值为7.0-7.5，加温至48-52℃，加入相当于牡蛎细粉1.5-2.5%倍重量份的中性蛋白酶，开始酶解，酶解时间为8小时，升温至80℃，保持10min将酶失活，用截流相对分子量为1000Dalton的纳滤设备过滤浓缩，调节压力至3Mpa，收取浓缩液，喷雾干燥过80目筛，包装得成品。通过利用对牡蛎的深加工，提高产品附加价值及竞争力，促进了本地区社会经济的发展。