本发明提出了一种天然柠檬酵素饮料、其制备方法及用途，该方法包括以下步骤：步骤S1：将天然柠檬通过压榨得到柠檬汁原浆；步骤S2：将上述柠檬汁原浆加入纯净水进行稀释，再往稀释后的上述柠檬汁原浆中加入果胶复合酶及红糖搅拌混合，再加入微生物乳酸菌、酵母菌群且搅拌均匀得到混合液体，将所述混合液体在10-37℃温度下进行发酵，直至PH至达到3.5-4终止发酵，并进行高温灭菌冷却；步骤S3：将发酵后的柠檬酵素液体静置二个月，静置完毕后再经过一个月的纯化即可制得天然柠檬酵素饮料。本发明天然柠檬酵素饮料、其制备方法及应用采用纯天然有机柠檬水果、无污染安全可靠，且发酵时间周期短，工艺环节少，简单易操作，可节省投资和运行费用，有效提高酵素的各种保健功效和高附加值。