本发明公开了一种从灵芝的深层发酵菌丝体中提取灵芝多糖的方法，将灵芝的深层发酵菌丝体与其重量2-4倍的纯净水混合，调整pH值至4后加温，当温度上升至40-50℃时加入由木瓜蛋白酶、果胶酶、纤维素酶组成的复合酶，一个小时后升温至60-70℃，此时用NaOH调整pH值至7-8，每分钟以8-10转搅拌，浸提2-4次，每次2-3小时，将2-4次浸提液合并过滤，减压浓缩至总体积30％，用乙醇沉淀浓缩液，过滤得上清液，上清液用超过滤分离装置脱盐，经反复加水稀释和超过滤操作，获得灵芝多糖浓缩液，浓缩液经冷冻干燥或喷雾干燥得灵芝多糖纯度达到97％以上的灵芝多糖粉末。该方法避免使用任何有机溶剂，无污染物质排放，适合大规模工业化生产。