本发明公开了一种稻曲病菌菌种长期保存的方法。该方法的技术要点是利用稻曲病菌薄壁分生孢子在水中生存期长的生活特性，用纯净的薄壁分生孢子作为菌种的存贮形态。该方法的技术步骤如下：1）培养制备含薄壁分生孢子的培养产物；2）薄壁分生孢子的纯净处理；3）适合贮存的孢子液的调配；4）孢子液装管存贮；5）菌种复活培养。本发明的优点是：菌种保存时长超过4年；无需每年转管培养的护理工作；减小菌种变异机率；盛装菌种的管具体积小，存放菌种需要空间少，便于管理。