本发明公开了一种生态农业栽培土壤及其制备方法、应用方法，该土壤依照如下方法制备；A、取有机肥原料和矿物肥原料混匀，添加有益菌发酵处理，获得多功能多元生态肥；B、在复合型土墙-冠层结构日光温室内，进行食用菌的规模化栽培或规模化发酵床养殖中小畜禽，获得副产品作为“生态型有机基质”；C、取疏松多空隙的粉煤灰、炉渣、风化煤或煤矸石，作为“矿物基质”；D、取普通大田耕层土壤；E、取上述多功能多元生态肥、生态型有机基质、矿物基质及土壤，复配制备生态农业栽培土壤。本发明托丰富的农林种养加生物质副产品资源，高质量、高效率、大批量、周年生产多功能多元生态肥、生态型有机基质，构建了现代化的生态农业栽培土壤。