本发明涉及一种集成式鱼类废水过滤桶及其使用方法，包括箱体，所述箱体包括废水箱和过滤桶，所述过滤桶内从上到下依次设置有对废水进行过滤的粗过滤装置、生化过滤层和微过滤装置，所述废水箱的侧壁上设置有至少一个废水进水口，所述废水箱内设置有固液分离箱和蛋白分离箱，所述固液分离箱后侧壁上部设置有粗过滤装置相连通的废水出水口，所述微过滤装置的出水口与设置箱体外部的水泵进水口相连接，所述蛋白分离箱的顶部设置有一泡沫导管相连通的接口，所述箱体的外侧壁上设置有射流器，所述过滤桶底部还设置有供气装置。本过滤桶能够对养殖、运输等用水负载产生的废水进行多重过滤后进行循环利用，保证了鱼类等存活率，而且结构简单，使用方便。