本发明公开了一种智能环境生态平衡系统及其修复水体的方法，所述智能环境生态平衡系统包括：用于输送水的输送装置、用于处理污水的生物反应装置、用于控制所述输送装置及所述生物反应装置的工作状态的控制装置和用于采集水体信息的水质监测装置。本发明智能环境生态平衡系统能根据水体信息自动控制生物反应装置中的生物反应材料对污水的处理，生物反应材料不仅能分解污水中的有机物，而且能够促进水体中的有益微生物的增长并形成特定种群，同时，有益微生物抑制有害微生物的生长并分解水体中的有害物质，不仅极大改善水体水质、使水体保持平衡状态，而且没有对水体造成二次污染、能耗低，可用于修复受污染的河流、湖泊、景观水及养殖水水体。