本发明公开了一种复合纳米涂料及其制备方法，涉及涂料领域。其中，复合纳米涂料配方原料有水性氨基酸树脂、水性环氧树脂、纳米离子银和纳米气相二氧化硅，辅料有离型剂、流平剂、分散剂、附着剂、消泡剂、纯净水和酒精。复合纳米涂料的制备方法有：按需求称取水性聚氨酯和水性环氧树脂，并将其混合，再用高速分散机分散5～15min，后加入一定量的纳米离子银、离型剂、流平剂、分散剂、附着剂和消泡剂，再分散10～30min，去泡，然后加入纳米气相二氧化硅和离型剂，待分散后加入一定量的水和酒精，充分分散30～50min后进行纳米级砂磨。本发明的复合涂料具有涂料附着力强、耐腐蚀、导热性强，涂料有疏水效果。