本发明提供了一种硬头鳟与溪红点鲑杂交三倍体苗种的制备方法。利用硬头鳟与溪红点鲑杂交得到受精卵，再通过6-DMAP溶液浸泡处理受精卵，再孵化培育，产生杂交三倍体苗种。本发明方法孵化期间受精卵发眼率为77%，苗种孵化率达到90%以上，得到的仔鱼经流式细胞仪检测，三倍体率达到90%以上。该方法可规模化生产硬头鳟与溪红点鲑杂交三倍体苗种，从而提高鲑鳟鱼的生长速度及抗病能力，为养殖户提高经济效益，具有较好的市场价值。