本发明提供了一种硬头鳟与北极红点鲑杂交三倍体苗种的制备方法，是将硬头鳟雌性亲鱼卵子与北极红点鲑雄性亲鱼精子体外受精，受精卵受精12-14min后移入浓度为170-190mg/L、温度为9-11℃的6-DMAP的溶液中浸泡处理14-16min后移入6-8℃的水体中孵化。50天左右，受精卵孵化出杂交三倍体仔鱼。孵化期间受精卵发眼率为81%以上，苗种孵化率达到90%以上，得到的仔鱼经流式细胞仪检测，三倍体率达到94%。本发明提供的硬头鳟与北极红点鲑杂交三倍体苗种制备方法，缓解了鲑鳟鱼养殖过程中个体出现了性早熟、个体小型化、病害滋生等问题，具有杂交和三倍体优势，具有较好的市场价值。